1979年、バクル大統領が辞任し、サッダーム・フセインが大統領と革命指導評議会（RCC）議長の座を譲り受けた。 イランとイラクとの国境をめぐり、1980年から1988年にかけてイラン・イラク戦争が勃発した。 イラク政府は、ヨーロッパ、アメリカ、ソ連、中国などほとんどの国から支援を受けた。 ただし、この戦争中にイラクは化学兵器を使用し、国際社会から大きな批判を浴びた。 戦争により、イラクはペルシャ湾周辺の中では軍事大国となったが、一方で、国家財政は悪化した。
イラクとクウェートとの間では、国境をめぐる対立が続いていた。 イラクは、クウェートが石油の採掘のために国境を侵犯していると主張していた。 アメリカやアラブ諸国の仲介により対話の努力が続いていたが、1990年8月2日、イラクはクウェートに侵攻し、8月8日にはクウェートをイラクの第19番目の州として併合すると宣言した。
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イラクによる侵攻後、国際連合とアラブ連盟はただちにイラクを非難し、ほとんどの貿易を停止する経済封鎖を行った。 1990年11月、国際連合は、1991年1月15日を撤退期限として「対イラク武力行使容認決議」を決議した。
1991年1月17日、28カ国の連合軍がバグダードに進軍を開始した（砂漠の嵐作戦）。 6週間の戦闘により、イラクは敗戦した。