病院や医療機関は病気を治療する場であるが、その反面、さまざまな病原体に感染した患者が集まってくる場所であり、また抗生物質や消毒薬の多用から、薬剤耐性病原体が多い環境である。
院内には、重症の消耗性疾患の患者や外科手術等で感染の危険性が高い処置を受けた患者、あるいは臓器移植手術後の拒絶反応を弱めるために免疫抑制剤投与を受けて人為的に感染防御能（いわゆる免疫力）を低下させられている患者など、微生物の感染に対する抵抗力が著しく低い、易感染宿主（健康な人には害を及ぼさない弱毒菌によっても感染症をおこす、compromised host）が多い。そのため、平素無害菌による感染の危険性が高いことになる。
感染源である患者と免疫力・抵抗力・体力の衰えた患者が、同一施設内にいるため、感染しやすい状況である。また患者から患者へと感染する以外にも、医師や看護師、あるいは調理員などの医療従事者が病原体の運び役になっている場合や、院外から免疫力の高い保菌者の来院によって感染が引き起こされる場合がある。
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接触感染：保菌者の皮膚や粘膜などに触れたり、食器や衣類などに間接的に触れることで感染する
多剤耐性菌（MRSA、VRE、VRSA、多剤耐性緑膿菌 (MDRP)など）
疥癬
セレウス菌
経口感染：病原体が手や食器などを介して口から侵入して感染する。特に糞口感染（感染に要する病原体数が極めて少なく、伝染性が高い）の場合が多い。
腸管出血性大腸菌 （O157など）
赤痢菌
ノロウイルス
飛沫感染：病原体が保菌者のクシャミ・咳などで飛ばされ感染する
インフルエンザウイルス
風疹ウイルス
マイコプラズマ
髄膜炎菌
空気感染：空気中に浮遊した病原体を吸い込むことで感染する
麻疹ウイルス
水痘ウイルス
結核菌
血液感染：針刺し事故や輸血、血液製剤から感染する
ヒト免疫不全ウイルス
B型肝炎ウイルス
C型肝炎ウイルス
手術による感染：カテーテルやプラスチック製の人工弁など、体内に留置する医療器具からの感染や、生体製剤からの感染
緑膿菌（静脈内、尿路内の留置カテーテルから）
表皮ブドウ球菌（コアグラーゼ陰性ブドウ球菌(CNS)の一種。留置医療器具から）
プリオン（硬膜製剤による薬害CJD）